本发明公开了一种3-氨基哌啶异构体的HPLC分析方法。该方法以(<i>R</i>)-α-甲基-2-萘乙酰氯为衍生化试剂与3-氨基哌啶进行快速双衍生化反应，通过反相高效液相色谱与紫外检测器联用对3-氨基哌啶异构体进行测定，属于药物分析技术领域。该方法衍生反应条件温和、快速，检测灵敏度高、重复性好、易于标准化操作，可用于有效地检测3-氨基哌啶异构体，适用于工业化生产3-氨基哌啶过程中对3-氨基哌啶异构体的质量控制。