本发明公开了一种运用植物工厂进行桔梗水培育苗的方法，首先利用清水浸泡种子，捞出种子平铺于湿纱布上，置于气温22‑25℃，相对湿度65‑70％，光照强度20‑30μmol·m‑2·s‑1，光周期为12/12h环境下即可；然后在催芽第5天少量种子露白，第7天超过80％的种子露出白色胚根，及时播种以防止胚轴徒长；当根系露出海绵和定植篮，长出2片真叶，移栽至水培育苗床，幼苗用海绵或定植杯固定。本发明通过对桔梗种子进行处理后，给予特定的环境控制，专用营养液，以提高桔梗幼苗质量，极大的缩短育苗时间。