本发明提供了一种从细菌发酵液中富集抗菌肽的方法，包括以下步骤：1)将细菌发酵液与β‑环糊精在115‑121℃下进行第一接触获得物料1，其中，相对于100ml的细菌发酵液，β‑环糊精的用量为0.5‑2.5g；2)将物料1与沸石粉进行第二接触获得物料2，其中相对于100ml的物料1，沸石粉的用量为1‑5g；3)对物料2进行过滤获得抗菌肽‑沸石复合物。本发明的方法提取工艺简单、无毒无害、成本低廉、且生产周期端、能提高吸附率和提高单位重量吸附剂的吸附量。