本发明具体公开一种处理含氨和甲烷废气的方法和系统。所述方法包括：将含氨和甲烷的废气通入第一生物滴滤塔中，同时向其填料上喷洒营养液，去除废气中的氨气，得到处理气体和第一淋洗液；将所述处理气体通入第二生物滴滤塔中，同时将所述第一淋洗液随营养液喷洒至所述第二生物滴滤塔的填料上，进行甲烷氧化和反硝化处理，得到净化废气和第二淋洗液，将第二淋洗液随营养液喷洒至第一生物滴滤塔的填料上；其中，第二生物滴滤塔的填料中负载有甲烷氧化菌和好氧反硝化菌。本发明所提供的处理方法，实现了甲烷和氨气的同时高效彻底的去除，氨气的净化效率可达到90‑98％，甲烷的净化效率可达到85‑90％，且营养液中无NO3‑、NO2‑积累。