本发明提供一种定向控制水生动物群体数量及其传播扩散的方法和装置，定向控制水生动物群体数量的方法包括以下步骤：确定作为防范对象的水生动物在具体区域中出现相对聚集的时间、空间、以及群体特点；根据所述群体特点，制定清除方案；以及根据所述时间及空间来实施所述清除方案。能够有效地实现对防控目标的水生动物的种群规模数量进行管控，在自然水域中实现生物多样性保护，在人工水域中服务于生产作业，并且环境负荷低。