本发明涉及一种发动机冷却循环系统的控制系统，包括作为控制中心的主控单元，其内部存储有相应的程序；用于检测车辆信号的检测机构，检测机构将检测到的信息实时传送给与其信号输出端相连的主控单元；用于执行控制命令的执行机构，执行结构接收与相连的主控单元发出的控制信号，对冷却循环系统进行相应的控制；本发明还涉及一种发动机冷却循环系统的相应的控制方法。本发明的控制系统及控制方法简单，能够根据发动机不同的运行状况实现对冷却液循环路径的控制，保证发动机的良好运行，降低发动机的能源消耗和排放；此外，电子辅助水泵可以在发动机停机后继续对冷却液进行有效冷却，延长增压器的使用寿命。本发明适用于各种车辆发动机。