本发明公开了一种高噪声背景下电能质量扰动信号降噪方法，包括以下步骤：A、利用变电站中的电压、电流互感器及二次设备对相关扰动信号进行在线采集和记录；B、将扰动信号中的中高频噪声进行抑制；C、通过区分噪声和扰动，消除噪声对信号的影响；D、通过区分噪声和信号，对噪声进行压制。本发明能够改进现有技术的不足，消除了噪声对信号的影响，同时最大程度的压制了噪声，并且减少了降噪时给信号带来的损失。