本发明提出一种基于数字孪生的流化床锅炉运行优化方法与系统，步骤包括构建锅炉的数字孪生系统，构建锅炉DCS控制系统与数字孪生体双向互联通信协议与系统，构建锅炉运行参数寻优系统，从锅炉DCS控制系统获取第一类运行控制参数的实时数据，以第一类运行控制参数为输入数据，采用锅炉运行参数寻优系统对流化床锅炉的运行进行仿真寻优，得到第二类运行控制参数最优值，将第二类运行控制参数最优值返回流化床锅炉的DCS控制系统，根据第二类运行控制参数最优值控制锅炉运行。其优点是比人工优化中仅考虑某一方面优化而忽略其他方面更能实现锅炉运行的整体优化，系统自动运行，减少人工控制的工作量。