本实用新型涉及一种便于控温的微藻养殖系统，包括若干浮法养殖单元、若干跑道池养殖单元和缓冲池，各所述浮法养殖单元包括若干筒袋，各所述筒袋的两端均设置有垫板，各所述浮法养殖单元的两端设有筒带进口和筒带出口；各所述跑道池养殖单元包括养殖池本体，所述养殖池本体的端部设置有养殖池进口、养殖池出口；各所述浮法养殖单元、各所述跑道池养殖单元相互串联或并联并与缓冲池形成循环。该微藻养殖系统，具有生产效率高、生产成本低且温度可控的有益效果。