本发明涉及水产动物病害防控技术领域，具体涉及针对神经坏死病毒的纳米复合物及其制备方法和应用。本发明提供了由聚乳酸‑羟基乙酸共聚物、聚乙烯亚胺和siRNA组成的纳米复合物，本发明还提供了所述纳米复合物的制备方法及其在制备提高感染神经坏死病毒鱼卵存活率的药物中的应用。本发明通过模拟神经坏死病毒，构建神经坏死病毒衣壳蛋白的载体，并在细胞中表达；筛选出能够有效抑制病毒衣壳蛋白表达的siRNA，进而构建神经坏死病毒的纳米复合物，在胚胎时期（受精卵）将NNV进行阻断，进而提高鱼苗成活率，进一步为治疗鱼苗早期疾病开辟新的可能性，该方法在水生动物人工繁育领域具有创新性，为水产养殖领域病毒防控提供了新的思路。