本发明公开了一种单细胞外显子测序方法及其应用，该方法包括：S1、肿瘤单细胞分选；S2、将分选的肿瘤单细胞进行MDA扩增，获得基因组文库；S3、检测MDA扩增产物均一性，选择多个位于不同染色体上的位点并设计对应的扩增引物，通过qPCR检测每颗单细胞MDA产物这多个位点的扩增效果，进而确定基因组是否扩增均一；S4、gDNA文库制备：将扩增后的DNA打断为150‑200bp的片段，通过末端修复、加尾、加接头、扩增，获得gDNA文库；S5、外显子捕获及文库构建：将制备好的gDNA文库与特定的探针进行杂交，捕获特定区域后，PCR扩增添加索引标签，获得外显子文库；S6、将外显子文库进行测序。