本发明公开了一种季铵盐抗菌复合硅橡胶及其合成方法，包括以下步骤：加入甲基化的支化聚乙烯亚胺、长链卤代烃和溶剂，在50‑120℃下搅拌1‑24小时；待反应结束后，除去溶剂，得到长链烷基改性的甲基化支化聚乙烯亚胺；将所述长链烷基改性的甲基化支化聚乙烯亚胺溶于增容交联剂中，加入聚二甲基硅氧烷在50‑120℃下搅拌1‑24h；然后加入催化剂，搅拌3‑5分钟；将制备的混合物涂在基板上，在室温下固化1小时‑7天，得到季铵盐抗菌复合硅橡胶。本发明得到的抗菌硅橡胶具有较好抗菌能力，而对比传统的小分子抗菌材料，又具备优异的化学稳定性、非挥发性和长期活性等优点。