本发明涉及一种基于分子对接的多层次虚拟筛选方法及其筛选的化合物在制备抗肺癌药物中的用途，通过分析第一次筛选得到的小分子化合物种类，选取人参皂苷类化合物作为第二次筛选库；再选定人参皂苷类化合物库作为第二次筛选配体，再次使用进行虚拟筛选，获得TMPRSS2与人参皂苷类化合物的对接得分结果，得到排名前五化合物，进行分子对接与活性研究。本发明通过多层次的虚拟筛选，自建二次虚拟筛选配体文库，丰富了该种类配体品种的同时，减小了配体库的化合物数量，在有效提升虚拟筛选精确率的同时，降低实验筛选化合物数量，缩短研发周期和节约成本。