本发明公开了一种激光清洗微纳颗粒污染物的方法和应用。其中所述方法通过激光清洗模型获得，所述清洗模型由以下模型构建而成：包括污染物颗粒调制作用在内的基底界面处光场强度分布模型、包括污染物颗粒调制作用引起的温度分布不均匀现象在内的基底界面处温度分布模型、包括由温度变化引起的热应力变化作用在内的基底界面处热应力分布模型，及基底界面处光力分布模型。本发明通过建立包括散射光场、温度场、热力场及电磁场在内的三维清洗模型，可获得对透明基底微纳米颗粒清洗的最佳方案。