本发明提供一种药物副作用预测方法、装置、电子设备及存储介质，涉及生物信息学技术领域。方法包括：根据待预测药物的分子式，确定原子特征矩阵和原子邻接矩阵，根据药物副作用集合，确定节点特征矩阵和节点邻接矩阵；根据原子邻接矩阵，确定第一原子特征矩阵，根据节点邻接矩阵，确定第一节点特征矩阵；根据原子特征与药物副作用之间的影响关系，确定第二原子特征矩阵和第二节点特征矩阵；融合第一原子特征矩阵和第二原子特征矩阵，确定预测原子特征矩阵，融合第一节点特征矩阵和第二节点特征矩阵，确定预测节点特征矩阵；根据预测原子特征矩阵和节点特征矩阵，确定待预测药物的预测矩阵。本发明可以提高了药物副作用预测的准确率。