本申请提供了一种煤层群开采矿井采空区内煤柱留设方法和系统。该方法包括：确定煤层群开采矿井采空区内需留设煤柱；基于预设安全条件确定所述留设煤柱的安全尺寸；其中，所述预设安全条件包括：防止煤柱失稳安全条件、防止煤柱发生冲击地压安全条件、隔离采空区安全条件以及减小对相邻煤层影响的安全条件；基于所述留设煤柱的安全尺寸，对所述留设煤柱在本煤层以及相邻煤层进行安全论证。籍此，以有效指导煤层群开采矿井采空区内的煤柱留设，保证煤层群的安全开采。