本发明公开了一种交通枢纽通行风险指数判别方法及系统，包括：定义通行设施中的人流参数；根据人流参数建立参数关系模型；结合所述参数关系模型和人流参数的参数分布特征进行统计分析，并根据所述通行设施的类型建立对应的风险指数模型；根据所述风险指数模型判断风险指数等级，本方案的好处在于：对于通勤类车站和枢纽类车站中各类通行设施内不同的行人流特征进行区分，从而发现通行风险的突变点特征，对各类枢纽的各类通行设施行人流关系图进行统计分析，分别建立对应的流体力学模型；统计分析得出各类不同通行设备的风险突变点；以密度、速度转化的通行成本为判断指标，将非线性关系转化为线性关系，得到风险指数。