本发明提供了一种气凝胶固定化的微生物保藏方法，属于微生物保藏技术领域，具体为利用包含海藻酸钠衍生物、聚乙烯醇的气凝胶作为固定化载体对微生物包埋后进行保藏，利用5‑羟基‑色氨酸对特定质量比的海藻酸钠、氧化海藻酸钠进行改性，可以明显提高气凝胶对微生物的包埋率，还能提高材料的强度，从而增加微生物的存活率；气凝胶中添加抗坏血酸钠和咖啡酰酒石酸能够增对微生物的保护作用，进一步提高微生物的存活率，并且能够提高微生物的保藏稳定性；保藏过程中，气凝胶制备过程中和微生物同时冻干，让微生物固定在气凝胶里，对微生物起到良好的保护作用，且步骤简单，生产成本减少。