本发明公开了一种从微藻中提取生物表面活性剂的方法，包括：浓缩液制备、发酵、酶液制备、配制，选取溢油现场采集筛选出的小球藻经培养后浓缩，将扩大培养后的小球藻进行发酵，以超声破碎仪破壁后提取酶液，将小球藻浓缩液与小球藻酶液混合后添加稳定剂即为生物表面活性剂。有益效果为：制备方法简单易行，成本低廉，安全环保，不添加新的污染物质；从微藻中提取的生物表面活性剂，其表面张力、乳化活力、黏度等乳化指标较为稳定，同时生物表面活性剂具有低毒、环保、作用条件温和、污染物降解彻底等优点，对石油的降解能力较强，其降解指数可以达到73.68‑91.56%，是一种安全高效的生物表面活性剂。