本发明提出了一种改性贻贝壳‑固定化菌藻复合物的制备方法，包括以下步骤：S1.贻贝壳的前处理：将贻贝壳烘干，高温碳化，研细；S2.菌藻的包埋固定化：将培养的菌种和微藻各自离心浓缩，等体积混合后，定量加入海藻酸钠，用注射器吸取混合液，逐滴滴入CaCl2溶液，制备固定化微球，交联，洗净，研细；S3.改性贻贝壳‑固定化菌藻复合物的制备：将硅烷偶联剂、前处理后的贻贝壳和固定化微球纳米粉加入去离子水中，室温反应，洗涤，过滤，干燥，研细，制得。本发明将碳化后的贻贝壳粉与固定化微球纳米粉偶联，其菌藻组成、有机物降解和脱氮除磷功能将形成平衡稳定的复合生态系统，高效进行原油污水的降解。