本发明公开了一种腐败检材降解DNA的检测方法，包括以下步骤：a）获取人体血液组织位于核小体核心区域DNA；b）对所述核小体核心区域DNA进行测序；c）将测序得到的序列与人类基因组序列信息进行比对，筛选，获得了核小体核心区域SNVs、Indels或STRs遗传标记；d）根据所述SNVs、Indels或STRs遗传标记的序列设计上、下游引物；e）提取腐败检材的DNA；f）用所述上、下游引物对所述腐败检材的DNA进行PCR扩增，得扩增产物；g）对所述扩增产物电泳，根据扩增获得的每个基因座进行分型分析。本发明利用核小体核心区域的遗传标记对腐败检材降解DNA进行检测，其基因座的检出率更高、获得的检测信息更为全面，使得其在法医鉴定和考古分析中得出更为准确、可靠的结论。