本发明公开了一种小麦每穗小穗数及抗旱性状相关SNP位点及其应用，包括用于鉴定或辅助鉴定小麦每穗小穗数及抗旱性状的试剂盒、引物、相关的分子标记，以及上述元素在鉴定或辅助鉴定小麦每穗小穗数及抗旱性状中的用途。本发明为小麦的分子标记辅助选择育种提供了一个新方法，在培育高产小麦品种和研究中具有重要意义。