本发明公开一种电力电子变压器能量流动控制方法及系统。方法包括：将电网中的电流输入至所述输入级模块，得到第一稳定直流电压；将所述第一稳定直流电压传递至所述隔离级模块，得到第二稳定直流电压；将所述第二稳定直流电压传递至所述输出级模块，得到交流电压，并将所述交流电压输入至电网中；将所述第二稳定直流电压采用反馈方法传递至所述输入级模块。本发明将输出级模块的信息引入到输入级模块中，即将输出级直流电压变化直接反馈到输入级模块中，能够提高能量流动的动态响应，解决能量双向流动时直流电压的波动，减小直流电容的容量。