本发明公开一种多目标微变形分时遥测方法与系统，系统由信标机及发射天线和接收机及接收天线构成。采用CDMA技术分别产生载波相同的2路扩频调制信号。将参考点信标机信号直接送往参考点发射天线，将观测点信标机信号通过单刀多掷开关SPMT依次送往n个观测点发射天线。接收机天线任意时刻只接收到2路混合扩频调制信号，使用相关解扩技术分别分离出参考点信标机和观测点信标机的载波信号，计算观测点信标机与参考点信标机之间的载波相位差，根据开关控制逻辑信号计算出各观测点天线与参考点天线之间的相对位移量。与现有方法相比，该方法具有如下优点：(1)减少了多址干扰，提高了测量精度；(2)减小了重量体积，降低了系统造价。