本发明涉及中药制备技术领域，具体公开一种射干异黄酮苷元的制备方法。所述射干异黄酮苷元的制备方法，是将射干须根的醇提液去醇处理后加入粗毛纤孔菌的发酵液中进行酶解，去除酶解液中的酶和菌体杂质，进行树脂吸附纯化，得到射干异黄酮苷元。本发明制备条件温和，方法简单，成本低，大大提高了从射干须根中提取和制备的射干异黄酮苷元的纯度和收率。