本发明涉及用于判定食物网中关键种的方法，属于生态学领域。采取的技术方案是构建食物网中物种相互作用矩阵；计算物种2种以上的中心度特征；利用中心度特征对物种进行无需预先指定分类数目的聚类分析；统计各个类别中的物种数目；在不同类别中去除物种，分别计算去除物种后的食物网稳健性；比较食物网稳健性变化程度；选择变化程度最剧烈的一类物种作为关键种。该发明有助于人们及时、准确地判定食物网中物种哪些属于关键种，提高物种保护的准确性与时效性，在众多物种中优先保护关键物种，避免因保护不当造成关键物种灭绝，以及后续可能引起的次生物种灭绝与食物网崩溃。