本发明提供了一种抑制三次谐波和共模电压的开绕组六相逆变器调制方法，包括：将六相电机的六维电磁量映射至三个正交的二维子空间中；获取所述正交的二维子空间对应的频率成分；根据所述正交的二维子空间对应的频率成分，将三次谐波分量映射到o1‑o2子空间，所述o1‑o2子空间是指零序子空间；控制电压矢量在o1‑o2子空间的平面投影为0；控制独立母线拓扑的六相逆变器的共模电压为0，以获取PWM调制使用的电压矢量；根据PWM调制使用的电压矢量，控制开绕组六相逆变器。从而可以同时抑制开绕组六相永磁同步电机共模电压和三次谐波电流的方案，在抑制共模电压的同时减小由于谐波电流造成的电机损耗。