本发明提供一种可展向主动折叠机翼的双段式扑翼飞行器，包括：机身、机身两侧对称布置的两个可展向主动折叠的双段式机翼和连接在机身后方的尾翼，所述机身包括机架和与所述可展向主动折叠的双段式机翼传动连接的传动机构；所述传动机构包括：减速齿轮组和驱动连接的两套双摇动机构，所述两套双摇动机构在机身中轴线的左右两侧对称布置，减速齿轮组带动两套双摇动机构分别为双段式机翼的扑动传递动力。本发明兼顾灵活机动性和气动性，提升双段式机翼飞行器整体性能。