本发明涉及海洋生物技术领域，特别涉及长茎葡萄蕨藻多酚在制备治疗血栓药物中的应用，本发明发现长茎葡萄蕨藻多酚可以显著提高肺血栓模型小鼠的存活率，同时显著降低尾血栓模型小鼠的黑尾率值。因此提供了其在制备治疗血栓药物中的应用，并进一步给出了长茎葡萄蕨藻多酚的制备方法。