本发明提供了一种基于永磁同步电机波浪补偿的海上浮吊系统，属于海上浮吊技术领域。本基于永磁同步电机波浪补偿的海上浮吊系统，包括船体，船体上设置有起重吊臂和控制室，船体设置有压力传感器和位移传感器，船体上固定有转台，转台开设有安装槽，安装槽固定有转动电机，转动电机输出轴的端部固定有工作台，工作台上固定有轴承座一和轴承座二，轴承座一和轴承座二上分别转动设有摆臂一和摆臂二，摆臂一和摆臂二之间转动设有转轴一；工作台上设置有波浪补偿装置，波浪补偿装置包括横荡补偿机构、纵荡补偿机构和深沉补偿机构。本发明具有能够对船体进行波浪补偿，保证海上吊物转移更平稳、安全、高效的优点。