本发明提出一种基于代码虚拟化的.NET平台代码保护方法，包括构建关于.NET平台程序中每个过程的控制流图，并根据所述控制流图构建数据流图；根据所述控制流图和数据流图，将.NET平台程序中待保护的MSIL代码进行反编译，得到MSIL语法树；将所述MSIL语法树编译为虚拟中间语言。将.NET平台程序中待保护的MSIL代码转换为具有可自定义性、动态性和可转换性，以及难以被分析的虚拟中间语言，可以有效阻碍各类反编译器将被保护的MSIL代码转换为高级语言，使得.NET平台程序的关键代码不被篡改，能够安全运行。