本发明公开了一种二维码加密方法、存储介质、设备及系统，涉及互联网安全领域，该方法包括创建覆盖图层，将原始二维码中白色像素块复制于覆盖图层上，且保持覆盖图层上的白色像素块位置与原始二维码中白色像素块位置相同；以编码方式对覆盖图层上每个白色像素块位置进行记录，生成字符串，对字符串加密同时生成解密密码；覆盖图层中白色像素块的位置随机进行变换，然后覆盖图层覆盖于原始二维码上形成加密二维码；当且仅当获取解密密码后，获得字符串，按照字符串中记录的白色像素块位置，对加密二维码中覆盖图层上的白色像素块位置进行还原。本发明有效保证二维码的使用安全。