本发明公开了基于数字孪生的水下工程结构智能检测方法及系统，具体涉及水利工程领域，用于解决现有对水闸脱空的监控常常仅利用单一的监测仪器对水闸附近土壤进行分析控制，对水闸附近的土壤状态监测常常存在不准确性和表面性，难以实现对水闸脱空风险的精准的监控的问题；包括数据采集单元、环境分析单元、状态分析单元、长期影响单元、直观反馈单元和显示终端；通过公式化的处理、归一化的分析以及信号整合输出的方式，对水闸附近土壤的状态进行分析处理，从而实现了对水闸脱空风险的等级划分，能够对水闸脱空进行精准监控。