本发明提供了一种留种花生自动剥壳装置及剥壳方法，属于农业机械领域。该自动留种剥壳装置包括机架组件，以及设置在所述机架组件上的输送机构、摆正机构、扫送机构、剥壳机构、移动组件机构、壳仁分离机构；所述输送机构设置在摆正机构的上方；所述扫送机构设置在摆正机构的下方；所述移动组件机构设置在扫送机构的一侧；所述述剥壳机构设置在移动组件机构上；所述壳仁分离机构设置在剥壳机构的下方。本发明结构简单轻便，完全实现带壳种子剥壳自动化，且果仁破损率低、操作方便、去壳速度快、效率高。