本发明提供一种点火线圈故障诊断系统及其诊断方法，点火线圈故障诊断系统包括：发动机控制模块和点火线圈故障检测模块；发动机控制模块采集发动机曲轴信号，点火线圈故障检测模块根据曲轴信号计算气缸的半圈周期信息及发动机运转信息判断点火线圈是否出现故障，与现有技术相比无需拆卸点火线圈，具有较高的准确性和安全性。