一种汽车供电系统及其控制方法，该系统包括车载动力电池(1)、启动电池(3)和多个负载，分别构成启动电路、负载供电电路和充电电路，其中，所述启动电路用于当启动电路连通时仅连通车载动力电池(1)与负载之间的供电回路，该汽车供电系统还包括充电控制装置(12)，所述充电控制装置(12)用于分别实时监测车载动力电池(1)和启动电池(3)的电压并根据监测结果切断或连通所述充电电路。本发明所采用的技术方案可以随时对启动电池充电，这样启动电池不必储备大量电能，因此本发明所使用的启动电池可以采用容量较小可以提供瞬时大电流放电的电池，如镍镉电池，与充电控制装置(12)的组合整体来看体积小、重量轻，大大节约了车舱内的空间，减轻了汽车负重，成本也得到了降低。