本发明涉及微生物检测技术领域，且公开了一种水中微生物计量装置，包括罐体和箱体，箱体的上端固定连接有两个导管，且导管的管壁上均连接有控制阀，两个导管的上端均连接有杯体，箱体的上端固定有负压管，箱体的左端固定有排水阀，杯体的上端杯口处通过锁扣连接有杯盖，且杯盖的上端连接有两个连接管，杯体的下端连接有固定机构，固定机构与导管的上端连接，固定机构用于快速拆卸杯体，并固定杯体与导管之间安装的超滤膜。该水中微生物计量装置，可以在抽滤时将原水与超滤膜隔离开，避免水中微生物堵塞超滤膜影响过滤速度，并且能够对仪器内输送洁净的空气，避免杂菌混入影响检测精度。