本发明公开了一种综合利用酒糟同时制备低聚木糖和蛋白饲料的方法，涉及废弃生物质资源综合利用领域。该方法通过超声波辅助碱溶液低温快速提取酒糟固体中的木聚糖(占半纤维素90％以上)，固液分离获得木聚糖粗提液和酒糟残渣；调节木聚糖粗提液pH并加入木聚糖酶进行水解获得低聚木糖水解液，进一步进行低聚木糖精制；将提取木聚糖后的酒糟残渣与酒糟清液混合进行低温干燥获得蛋白饲料。采用本发明的方法，不仅能够避免传统酒糟饲料中木聚糖成分的浪费，而且提高了低聚木糖得率，选择性提高了木二糖和木三糖的含量。制备高附加值低聚木糖的同时，获得了具有良好适口性和可消化性的酒糟蛋白饲料，从而实现了酒糟中多种组成成分的综合利用。