一种基于二进制分子通信模型的通信方法，包括以下步骤：第一步，建立基于二进制分子通信模型，发送方纳米机器释放分子后，分子在介质中以布朗形式运动，一个分子从发送方纳米机器到距离为d的接收方纳米机器所需时间t的概率密度分布函数f(t)，该概率密度分布函数对应的累积分布函数F(t)；第二步，设计发送方和接收方纳米机器之间的传输机制，在二进制分子通信模型中，用发送不同的分子类型来代表比特1或0的传输；第三步，按照第二步的二进制分子通信模型的传输机制，实现高吞吐量和高效率通信。本发明提供一种具有较高的吞吐量、通信效率高的基于二进制分子通信模型的通信方法。