本发明涉及一种航空器轨迹预测方法由空中交通管制系统实施，所述空中交通管制系统包括数据通信模块、监视数据融合模块、机载终端模块、管制终端模块，其中监视数据融合模块用于实现空管雷达监视数据与自动相关监视数据的融合，为管制终端模块提供实时航迹信息；管制终端模块包括飞行前无冲突4D航迹生成、飞行中短期4D航迹生成这2个子模块；上述系统的航空器轨迹预测方法，依靠管制终端模块，处理飞行计划数据并利用隐马尔科夫模型生成4D航迹，实现空域交通状况潜在的交通冲突的分析。本发明可有效提高空中交通的安全性。