本发明公开了一种深海采矿系统，包括具有精矿仓、尾砂仓以及二个原矿仓的船体，由抽砂泵抽取的原矿砂被碾碎机内二个圆锥形的碾压辊碾碎后进入第一个原矿仓内，并通过第一渣浆泵送入第二个原矿仓内，原矿砂通过磁选机选出精矿砂，再通过精矿砂输送装置送入精矿仓内，当精矿仓内的精矿砂到达一定位置时，抽砂泵停止工作；当第一个原矿仓内的原矿砂被全部抽入第二个原矿仓时，精矿仓内的精矿砂通过第二渣浆泵送入第一个原矿仓内，而尾矿砂则用尾砂泵通过尾矿回填管道输送到远离开采区的海底就地回填。本发明对于尾矿的处理简单、不会对环境造成不良的影响，以节省运力并降低采矿成本，还可对原矿砂进行充分、准确的选矿，有效地避免资源的浪费。