本发明涉及一种配电终端优化配置方法及系统。该方法包括：以分布式电源为中心，将支路作为启发信息，并将支路划分为三类支路，将所述三类支路赋予不同大小的权值，权值高的优先划入孤岛范围，同时确定负荷优先级；根据所述启发信息、权值和负荷优先级，以分布式电源节点为根节点，确定24个时段内孤岛范围支路的集合；根据所述孤岛范围支路的集合判断各孤岛范围是否重合；若是，在所述孤岛范围边界处规划配电自动化装置；采用遗传算法对配电自动化装置进行优化配置；若否，结束。本发明考虑了在孤岛边界设置配电自动化装置，实现了对配电自动化装置的优化配置。