本发明涉及一种永磁风力发电机定子绕组不对称故障诊断方法及系统，当定子单相电流的功率谱密度谱图中存在定子电流三倍频时，判断功率谱密度谱图中是否存在调制频率，功率谱密度谱图中不存在调制频率时采用信号处理方法从所述定子单相电流中提取调制频率，若提取到调制频率时，判定永磁风力发电机存在定子绕组不对称故障；功率谱密度谱图中存在调制频率时直接判定永磁风力发电机存在定子绕组不对称故障，实现了考虑风速时空分布后的永磁风力发电机组定子绕组不对称的故障诊断，更贴近实际运行的永磁风力发电机工况，提高了定子绕组不对称故障诊断的准确性。