本发明提供了近红外硅基罗丹明荧光染料、制备方法及其在线粒体脊膜原位免洗成像中的应用，近红外硅基罗丹明荧光染料结构式如式（I）所示。本发明近红外硅基罗丹明荧光染料合成步骤少，制备方法简单，产率高，所得近红外硅基罗丹明荧光染料紫外吸收强度好和荧光量子产率高，受生物自发荧光干扰小，生物毒性低，具有较好的生物相容性，抗光漂白能力强，能够长时间连续成像，可用于线粒体脊膜原位免洗荧光成像。