本发明属于聚合物整体柱技术领域，公开了一种基于二茂铁基卟啉的聚合物整体柱及其制备方法和应用，其中制备方法包括：S1.以N,N‑二甲基甲酰胺为溶剂，将二茂铁基卟啉、三烯丙基异氰脲酸酯、甲基丙烯酸甲酯、交联剂、致孔剂、引发剂混合，超声分散均匀后得到预聚混合液，之后通入氮气除去预聚混合液中的氧气；S2.将所述预聚混合液装入柱管进行聚合反应；S3.反应完成后，通过色谱系统除去可溶性物质，得到基于二茂铁基卟啉的聚合物整体柱；综上，本发明基于自由基聚合原理制备以二茂铁基卟啉为单体的聚合物整体柱，该整体柱具有较为均匀的空间网状结构、较低的背压、良好的机械稳定性和渗透性，能有效实现蛋白质及小分子物质的的分级分离。