本发明公开了一种基于相似基因比例的基因家族关系判定方法，包括确定一个基因家族为指定基因家族，计算两个考察物种谁与参考物的指定基因家族亲缘关系更近，计算方法为将参考物种指定基因家族的基因分别与两个考察物种指定基因家族的基因进行两两序列比对，分别获取多个阈值条件下的参考物种的考察物种非冗余基因比例，确定相同阈值条件下参考物种的考察物种非冗余基因比例间的差值的绝对值最大且非冗余基因比例较大的考察物种为与参考物种指定基因家族关系更密切，可认为该考察物种与参考物种具有更相似的相应形态发育特征而应用于优势物种或目的物种的筛选，还可反映不同物种间基因家族的进化关系。