本发明涉及一种基于最优传输的点云配准方法，所述方法包括：S1：输入待配准的两幅点云的数据，并分别对每幅点云的数据进行质量分配；S2：使用最优传输理论求解所述两幅点云的传输计划与变换矩阵；S3：计算所述两幅点云中每个点的传输代价，并根据计算的传输代价检测异常点；S4：根据检测结果，调整两幅点云中各个点的质量；S5：对调整质量后的两幅点云重复执行步骤S2至S4，直至检测不到异常点为止；S6：将检测不到异常点时对应的变换矩阵作用到点云中，以配准点云数据。本发明提供的一种基于最优传输的点云配准方法，能够解决当前点云配准过程中存在的噪声、缺失、部分重合的问题。