本发明提供了一种基于场流分离技术分离纯化灵芝多糖的方法。该方法对于提取的灵芝粗多糖首先采用Sevag法进行4次除蛋白质，之后通过AF4池道，采用超纯水作为载液，采用10kDa可再生纤维素膜，0.2mL/min的超滤流速进行一段时间的超滤，最后进行非对称场流分离，非对称场流分离时采用超纯水作为载液，初始交叉流流速指数衰减降低至0.05mL/min。本发明在分离纯化灵芝多糖过程中减少了除蛋白质次数，并且整个过程中载液为超纯水，无需透析除盐步骤，在保护灵芝多糖活性的基础上提高了分离纯化效率，并得到了高纯度的灵芝多糖。