本发明公开一种生物光声内窥图像重建方法及系统。所述重建方法具体包括：获取所述超声换能器接收到的存在声衰减的光声信号测量值；建立所述光声信号测量值与所述无衰减的光声信号之间的关联方程；离散化处理所述关联方程，获得关联矩阵；采用奇异值分解法计算所述关联矩阵的广义逆矩阵，获得关联广义逆矩阵；根据所述关联广义逆矩阵和所述光声信号测量值计算所述成像组织的无衰减的光声信号，获得成像无衰减光声信号；根据所述无衰减光声信号重建腔体横截面上的光吸收能量分布图。通过建立测量值与所述无衰减的光声信号之间的关联方程提高了生物光声内窥成像的分辨率。