本发明涉及农药技术领域，具体涉及一种防治果蔬真菌病害的杀菌组合物及应用。本发明所述的杀菌组合物包括活性组分氯氟醚菌唑和四霉素或双胍三辛烷基苯磺酸盐。本发明提供的杀菌组合物及含其农药制剂不仅对多药产生抗性的灰葡萄孢引起的灰霉病具有良好的防治效果，而且对早疫病和黄瓜靶斑病具有较好的防治效果，对灰霉病菌抗药性的治理具有重要意义。该增效组合提高了化学药剂对病害防治效果，实现了一喷多防，有效降低了化学药剂的用量，达到了农药减施增效目标。